Niniejszy tekst koncentruje się na sytuacji podatników korzystających ze zwolnień strefowych i inwestycyjnych (SSE/PSI), dla których kluczowe jest to, czy dochody zwolnione wpływają na kalkulację podatku minimalnego. Podatek minimalny (10%) to specyficzny rodzaj podatku dochodowego od osób prawnych. Zasady regulujące tą daninę zostały opisane w art. 24ca ustawy o CIT. Jej celem jest objęcie tych spółek, które z podstawowej działalności operacyjnej cały czas wykazują stratę albo zadziwiająco niski dochód, mimo że normalnie na rynku taka sytuacja nie powinna utrzymywać się przez dłuższy czas, bo taka spółka, po prostu, zakończyłaby swoją działalność. Rodzi to różnego rodzaju przypuszczenia o nieuczciwości osób zarządzających tym podmiotem. Ustawodawca zakłada, że w takich przypadkach może chodzić o podtrzymywanie spółki na siłę, w celu uzyskania korzyści podatkowych.
Podatek minimalny dotyczy wyłącznie źródła przychodów innego niż zyski kapitałowe, czyli zwykłej działalności operacyjnej spółki polegającej na przykład na sprzedaży towarów i usług. Obejmuje te podmioty, które w danym roku poniosły stratę z tego źródła albo osiągnęły dochód nie wyższy niż 2% przychodów z tej działalności. Nie dotyczy natomiast wszystkich podatników CIT. Ustawa przewiduje szeroki katalog wyłączeń. Przykładowo przy ustalaniu podstawy opodatkowania można wyłączyć wzrost kosztów uzyskania przychodów z tytułu zakupu energii elektrycznej, cieplnej lub gazu przewodowego ponad poziom roku poprzedniego, a także określone daniny publiczne, takie jak zapłacony podatek akcyzowy, podatek od sprzedaży detalicznej, podatek od gier, opłata paliwowa czy opłata emisyjna. Tak więc jeżeli spółka, po uwzględnieniu tych wyłączeń, spełnia warunki ustawowe, nie będzie objęta podatkiem minimalnym, nawet jeśli wykazuje bardzo niską rentowność z działalności operacyjnej.
Warto zwrócić uwagę, że na gruncie CIT co do zasady wyróżnia się dwa źródła przychodów: zyski kapitałowe oraz inne źródła przychodów. W obu przypadkach podstawą opodatkowania jest dochód, który, jak wiadomo, stanowi różnicę między przychodami a kosztami. W przypadku podatku minimalnego przez długi czas nie było jednak jasne, jak prawidłowo określić wysokość tego dochodu na potrzeby wskaźnika 2% oraz czy przy jego kalkulacji należy uwzględniać także dochody zwolnione na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT, tj. dochody z działalności strefowej (SSE) oraz w Polskiej Strefie Inwestycji (PSI).
Nowa linia orzecznicza
Za przełomową w tej tematyce można uznać interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 27.08.2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.418.2025.1.DW, w której organ wprost potwierdził, że do wskaźnika dochodowości z art. 24ca ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT należy uwzględniać całość dochodów podatnika, w tym dochody zwolnione na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT. Identyczne stanowisko zaprezentowano następnie w interpretacji indywidualnej z dnia 01.09.2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.412.2025.1.PC, co potwierdza ukształtowanie się jednolitej linii interpretacyjnej w tym zakresie.
W przywołanych rozstrzygnięciach Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wskazał m.in.:
„Tym samym, w myśl zasady lege non distinguente nec nostrum est distinguere (gdy ustawa nie rozróżnia, nie do nas należy rozróżnianie), należy przyjąć, że przepis ten odnosi się do wszystkich dochodów Spółki (z wyjątkiem tych wymienionych w art. 24ca ust. 2), bez względu na to, czy są to dochody opodatkowane czy zwolnione od opodatkowania.”
oraz:
„(…) w celu obliczenia udziału dochodów ze źródła przychodów innych niż z zysków kapitałowych, określonych zgodnie z art. 7 ust. 1 updop, w przychodach innych niż z zysków kapitałowych, o którym to udziale mowa w art. 24ca ust. 1 pkt 2 updop, należy w dochodach, o których mowa w art. 24ca ust. 1 pkt 2 updop, uwzględniać całość dochodów Spółki, tj. łącznie z dochodem zwolnionym z opodatkowania.”
Argumentami organów podatkowych były przede wszystkim literalna wykładnia przepisów oraz brak wyłączeń w katalogu.
Wpływ na przedsiębiorców obecnie
Z perspektywy przedsiębiorców najnowsza linia orzecznicza ma bardzo istotne znaczenie. Skoro przy kalkulacji wskaźnika dochodowości na potrzeby podatku minimalnego należy uwzględniać całość dochodów, w tym dochody zwolnione, to wynik tego wskaźnika odzwierciedlać będzie realną kondycję ekonomiczną firmy,. W praktyce ogranicza to ryzyko, że podmiot generujący wysokie, zwolnione zyski, na przykład w związku z działalnością strefową czy inwestycyjną, zostanie sztucznie „wrzucony” w reżim podatku minimalnego. Innymi słowy, nowe orzecznictwo zapobiega sytuacji, w której przedsiębiorcy inwestujący w projekty objęte preferencjami podatkowymi byliby karani dodatkowymi obciążeniami, a sama preferencja byłaby w znacznym stopniu niwelowana przez mechanizm podatku minimalnego.